复旦大学数学研究所于1956年开始筹建，成立时批准部门是中国科学院。其经过如下：1956年，苏步青教授和陈建功教授受中国科学院委托，开始筹建上海数学研究室。1957年6月在复旦大学正式成立了中国科学院上海数学研究室。1958年12月，经中国科学院批准，正式成立中国科学院上海数学研究所，下设几何与函数论两个研究室。中国科学院学部委员苏步青教授任所长。1960年，中国科学院上海数学研究所划归复旦大学，更名为复旦大学数学研究所，设有微分几何、函数论与泛函分析、微分方程、概率论与数理统计等四个研究室，曾经与复旦大学数学系一起在各种杂志上发表论文四百多篇。

长期以来复旦大学数学研究所承担数学学科研究生的教学和培养工作，培养了许多高水平的数学研究人才，同时也获得许多重要的研究成果。

1．1978年发展成为有微分几何、函数论和泛函分析、微分方程、概率论与数理统计、代数、应用数学六个研究室。

2．1980年受国家教委委托创刊《数学年刊》英文版和中文版杂志。

3．1981年首批批准设立基础数学专业和应用数学专业博士点；1986年设立概率论与数理统计博士点（计算数学和运筹学与控制论的博士点在数学系，分别在1984年和1985年批准设立）。

4．1985年被批准设立博士后流动站。

5．1993年被批准成立“非线性数学模型和方法”（国家教育部）开放实验室。

6．1980年以来获得的重大奖项：

国家自然科学二等奖三项 （谷超豪等（1982）、陈天平（2002），陈恕行（2005））；何梁何利基金科学与技术成就奖两项（苏步青（1997）、谷超豪（2005））；国家最高科技奖（谷超豪（2009））。

经过五十多年来的发展，复旦大学数学研究所科研队伍不断壮大，研究方向不断增加，成为国内数学研究和人才培养的一支重要力量。

虽然现在复旦大学数学研究所的建制发生了变化，但在新的机遇和挑战面前复旦大学数学研究所会有新的更大的进步。

历任所长：

第一任所长：苏步青（1956-1986.10）

副所长：陈传璋（1959.6-1966.12）

        谷超豪（1962.10-1986.10）

        夏道行（1962.10-1986.10）

第二任所长：谷超豪（1986.10-2000.3）

副所长：夏道行（1986.10-1989.12）

        蒋尔雄（兼）（1990.11-1997.6）

        陈恕行（1990.11-1997.6）

        张荫楠（1990.11-1997.6）

        洪家兴（1997.6-2000.3）

        陈晓漫（1997.6-1999.7）

        吴泉水（1999.7-2000.3）

第三任所长：洪家兴（2000.3-2012.12）

    副所长：吴泉水（2000.3-2012.12）

        丁  青（2006.5-2012.12）

现任所长：傅吉祥